קטע ההר המכונה בשם ´הר ציון´ היא למעשה שלוחה דרומית של הר גדול בהרבה, עליו שוכנים הרובע היהודי והארמני. אין כל הבדל טופוגרפי בין העיר העתיקה ובין הר ציון, ורק מיקומה השרירותי של החומה העות´מאנית מפריד ביניהם. מהתנ´´ך עולה שהשם ´הר ציון´ שימש בימי המקרא את הר הבית דווקא: ´´מֵעִם ה´ צְבָאוֹת הַשֹכֵן בּהַר צִיּוֹן´´ (ישעיהו ח´, יח), ´´הַר צִיּוֹן זֶה שָכַנְתָ בּוֹ´´ (תהלים ע´´ד, ב) ועוד. הכינוי נדד מערבה במאה השישית לספירה, בעקבות זיהוי שגוי של המצודה עם מגדל דוד. מכאן קָצרה הדרך לכנותה ´מצודת ציון´, ולפיכך – הר ציון.